Коллегиальным высшим органом управления Дирекции является Наблюдательный совет. Основной функцией Наблюдательного совета является обеспечение соблюдения Дирекцией целей, в интересах которых она создана, определение приоритетных направлений деятельности Дирекции, принципов формирования и использования ее имущества, утверждение программы деятельности Дирекции на плановый период.
Основная функция Наблюдательного совета Дирекции – обеспечение контроля над соблюдением Дирекцией целей, задач и полномочий, для достижения которых она была создана. Руководство текущей деятельности Дирекции осуществляет Генеральный директор. К компетенции Генерального директора относится решение всех вопросов, которые не относятся к компетенции Наблюдательного совета.